Los equipos de cálculo se encuentran ubicados dentro del CIMEC en la Sala Cluster.

La misma cuenta con UPS (Uninterruptible Power Supply) de 5, 8 y 10 KVA (modelos SURT5000XLI, SURT8000XLI, SURT10000XLI) de la marca APC. Asimismo los institutos del CCT Santa Fe cuentan con respaldo a través de grupos electrógenos diesel (Cummins de 125 kVA) que junto con las UPS ayudan a garantizar la continuidad de los servicios brindados por el C3.

La temperatura en la sala está monitoreada por los sensores de las UPS y uno específico, lo cual permite una cobertura total de la temperatura en todo el volumen de la sala. Estos sensores permiten mediante comunicación TCP/IP que se realizan avisos a los administradores del estado de la sala en caso de alta temperatura, como así también de problemas eléctricos o de comunicación.

Para mantener la temperatura dentro de la sala se utilizan Aires Acondicionados de Precisión (AAP). Dichos AAPs estan específicamente orientados a salas de computo, y consisten en 6 equipos individuales (CX-005/DX-005) de 15000 kcal/h (5 TR) cada uno, totalizando una potencia de 60000 kcal/h (20 TR) para toda la sala y 2 secuenciadores (SW-303), marca Westric, con un costo de U$D 21,000 (veinte y un mil dólares).

Los primeros 4 AAPs fueron puestos en funcionamiento en Octubre de 2016, y adquiridos mediante un proyecto de apoyo económico parcial (Proyecto CAC-13 del Anexo I de la Res. SACT 054/15 del 23/07/2015), en el marco del Programa de Innovación Tecnológica II (PITII), y efectivizado mediante el contrato de Préstamo BID 2777 - OC/AR. Al aumentar el número de equipos de cálculo en la sala, en 2023 se ponen en funcionamiento 2 nuevos AAPs, contemplados en la estructura inicial de los secuenciadores. Uno de ellos fue adquirido en diciembre del 2022 con fondos PUE 085 y el otro en marzo de 2023 con fondos originados en el propio producido de la UNL.

La sala del clúster cuenta con un sistema antiincendios FM200 de última generación para garantizar la seguridad y protección de los equipos y los usuarios. El FM200 es un sistema de supresión de incendios que utiliza gas HFC-227ea (heptafluoropropano) como agente extintor. Este gas es un compuesto químico incoloro, inodoro y no conductor, que se almacena en cilindros presurizados y se libera a alta velocidad cuando se detecta un incendio. El sistema está compuesto por dos cilindros ECS-360 HFC227ea, uno principal y otro de reserva.
Cuando se detecta un incendio, los detectores envían una señal al panel de control del sistema antiincendios, que activa el sistema de supresión. El gas FM200 se libera a través de boquillas especiales ubicadas estratégicamente en el área de riesgo y actúa como un agente extintor al reducir la concentración de oxígeno en el área de riesgo. Al reducir la cantidad de oxígeno, el fuego se sofoca y se detiene la combustión.