Cálculo cientifico en computadoras paralelas. MPI y PETSc
Dictado por:
Mario Storti
Contenidos
Introduccion al calculo en paralelo.
Motivacion al uso de librerias de paso de mensajes.
Librerias de paso de mensajes en uso actualmente.
El MPI Forum
Conceptos basicos de MPI
Es MPI pequeno o grande?
Uso de MPI en programas simples
Ejemplos en Fortran y C.
Tomando tiempos de programas.
Un ejemplo con self-scheduling.
Uso de MPI en metodos numericos
El problema de Poisson
Comunicacion no-bloqueante
Escalabilidad
La libreria PETSC de algebra lineal en paralelo
Objetos PETSc
Estructura de la libreria PETSc
Usando PETSc
Escribiendo programas que usan PETSc
Ejemplo simple. Ec. de Laplace 1D
Headers. Bases de datos/Opciones.
Vectores y datos distribuidos.
Creando vectores.
Operaciones basicas sobre vectores.
Indexacion.
Operaciones de scatter y gather
Matrices
Matrices sparse.
Matrices densas.
Operaciones basicas sobre matrices.
Operaciones `matrix-free'
SLES: Solvers linales
Resolviendo secuencias de sistemas lineales.
Familia de metodos de Krylov
Precondicionamiento
Tests de convergencia
Monitoreo de la convergencia
Espectro del operador
Precondicionador ILU
PETSc avanzado
SNES: resolviendo sistemas lineales
TS: integrando ODE's
Metodo de descomposicion de dominios (DDM)
La matriz complemento de Schur
Similaridad con el metodo de subestructuras.
Numero de condicion de la matriz complemento de Schur.
Estudio de performance del DDM.
Uso del DDM.
Un programa simple de Elementos Finitos con PETSc
Particionamiento simple del grafo dual (elementos)
Particionamiento de nodos.
Ensamble de elementos.
Resolucion.
Material
Transparencias (MPI-PETSc)
http://www.cimec.org.ar/~mstorti/curso-mpi-petsc/slides.pdf
Código (Ejemplos de las transparencias y otros)
http://www.cimec.org.ar/~mstorti/curso-mpi-petsc/curso-mpi-example.tgz
Clusters Beowulf
http://www.cimec.org.ar/~mstorti/curso-mpi-petsc/cluster.pdf
Visualización científica con DX
http://www.cimec.org.ar/~mstorti/curso-mpi-petsc/dx-conf.pdf
Descomposición de dominios (paper presentado en ENIEF-2003)
http://www.cimec.org.ar/~mstorti/curso-mpi-petsc/isppreco.pdf
Descomposición de dominios (transparencias)
http://www.cimec.org.ar/~mstorti/curso-mpi-petsc/ddmslides.pdf
Más material del curso en
http://www.cimec.org.ar/owl
, Usuario:
cursos,
folder
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CursoParaleloMPIyPETSc
Topic revision:
19 Jan 2010, MarioStorti
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